In Japan konnte sich Thomas auf dem sechsten Platz qualifizieren, während im Rennen das erste (und einzige) Mal Regen angesagt war. Thomas hatte einen schlechten Start und verlor direkt 2 Plätze, doch er konnte sich langsam wieder vor arbeiten und sollte nach einem Renndrittel sogar schon auf P2 hinter Schumacher sein. Auch diesen konnte er attackieren, Schumacher konterte zwar einmal, doch am Ende setzte sich Thomas durch. Der Regen wurde nun langsam weniger und die Strecke begann langsam abzutrocken. Doch Thomas musste zur Halbzeit an die Pits und nachtanken.
Damit blieb er mit Regenreifen auf dem Kurs, konnte aber auf P2 bleiben und auf Schumacher aufholen. Dieser war hingegen so voll getankt, dass er 3/4 des Rennens abwarten konnte und schließlich bei einem kurzen Tankstop auf Slicks wechselte. Diese waren nun mehrere Sekunden pro Runde schneller und so musste Thomas noch ein zweites Mal an die Box. Damit war Schumacher nicht mehr einzuholen und fuhr zu seinem 9 Sieg, Thomas konnte immerhin P2 halten. Dritter wurde Berger vor Blundell, Panis und Frentzen.
In der Gesamtwertung führt Schumacher nun 34 Punkte vor Berger, gefolgt von Häkkinen. Thomas hat es mit dem guten Ergebnis auf P4 geschafft, während bei den Konstrukteuren Benetton nun auch diesen Titel sicher vor Ferrari gewonnen hat.
