Auch in Japan konnte sich Thomas die Pole holen, zweiter wurde diesmal Davies vor Prost. Letzterer war es jedoch, der den besten Start hatte und direkt auf P1 vor ging, Thomas konnte aber noch in der gleichen Runde kontern. Der Williams war jedoch wieder das stärkere Fahrzeug und so konnte Prost in der zweiten Runde erneut in Führung gehen, während es langsam anfing zu regnen.

Während der Regen immer stärker wurde, konnte Thomas diesmal das Tempo von Prost mitgehen und als beide schließlich für Regenreifen an die Box gingen, war er am Ausgang direkt an Prost dran. Besonders im ersten Sektor war Thomas deutlich stärker, fand jedoch keinen Weg am Franzosen vorbei. Es dauerte einige Runden, bis er durch den guten ersten Sektor schließlich in der Haarnadelkurve angreifen und vorbei gehen konnte. Anschließend setzte er sich sogar von Prost ab, während der Regen aufhörte und die Strecke wieder trockener wurde.

Der Kurs blieb jedoch nass genug, so dass keiner mehr auf Slicks wechselte und da Thomas sich keinen Fehler erlaubte, holte er sich seinen zweiten Saisonsieg und seinen dritten Sieg in Suzuka. Prost wurde zweiter vor Hill, Senna, Lehto und Schumacher.

In der Gesamtwertung ist zwar Prost nun 50 Punkte vor Hill, doch dieser liegt nur 7 Punkte vor Senna, während Thomas 9 weitere Punkte dahinter ist. Die drei Plätze sind damit vor dem letzten Rennen noch nicht entschieden.